Фамилия Ганнутин образована от прозвища или уменьшительной формы имени, и здесь есть две версии, одна из которых заметно правдоподобнее. Основная версия ведёт к мужскому крестильному имени Гавриил, которое в переводе с древнееврейского означает «божественный воин». От Гавриила в народной среде пошло множество уменьшительных форм: Гавря, Гаврик, Гаврюша, Гаврилка, Гавша, а также Ганя и Ганнута. Один из самых известных покровителей этого имени — Архангел Гавриил, который, согласно Библии, возвестил Деве Марии о рождении Иисуса Христа, а в исламской традиции передал Мухаммеду Коран. Фамилии на -ин, как Ганнутин, обычно указывают на принадлежность: «чей?» — Ганнутин, то есть потомок человека по имени Ганнута.

Вторая версия — редкая и менее убедительная. Согласно ей, Ганнута — это разговорный вариант имени Ганна, которое представляет собой украинскую форму женского имени Анна («Божья благодать»). Однако фамилии, образованные напрямую от женского имени, в русской традиции встречаются относительно редко — обычно в тех случаях, когда женщина была главой семьи или вдовой. Поэтому в случае с фамилией Ганнутин гораздо логичнее опираться на мужское имя Гавриил, которое дало много живых разговорных вариантов, включая Ганнуту.