Фамилия Ганутина — женская форма фамилии Ганутин, и её происхождение стоит искать в прозвище или имени, которое носил предок по мужской линии. Основа фамилии — «Ганута» — звучит нехарактерно для исконно русского именослова, что сразу указывает на вероятное заимствование или диалектную особенность. Скорее всего, Ганута — это производная форма крестильного имени Иоанн (Иван), которая возникла в результате характерного для русских говоров упрощения: Иван → Ваня → Ганя. Приставка «Га-» вместо «Ва-» — известная черта некоторых южнорусских и украинских диалектов, где «в» перед гласными могло переходить в «г» (ср. ганок вместо «ванок»). Суффикс «-ут(а)» в этом случае уменьшительно-ласкательный, как в именах Мишута, Ванюта, что делает «Ганута» звучащим по-домашнему прозвищем внука или младшего в роду.

Однако есть и другая версия, менее распространённая, но имеющая право на существование. В некоторых регионах «ганута» могло быть прозвищем человека, связанного с гнутием, изготовлением дуг или полозьев — от глагола «гнуть». В этом случае корень тот же, что в слове «гнуть», а суффикс «-ут(а)» указывал на деятеля: ганута — тот, кто гнёт, мастер по гнутым изделиям. Эта версия правдоподобна для ремесленных фамилий, но уступает первой по частоте встречаемости, так как фамилии на -утин от прозвищ с корнем «гн-» обычно пишутся через «о» (Гнутин).

Суффикс «-ин» в фамилии Ганутин — типичный русский патронимический показатель, отвечающий на вопрос «чей?». Он указывает, что фамилию дали по отцу: сын Гануты, то есть Ганутин. В женском роде, соответственно, Ганутина.

Географически фамилия Ганутина встречается рассеянно, но с некоторым тяготением к югу России и прилегающим территориям Украины. В центральных областях она редка, что косвенно подтверждает версию о диалектном происхождении от имени Иван. Если ваш предок носил фамилию Ганутин, то с большой долей вероятности он происходил из мест, где «Ганя» было обычным обращением к Ивану, а сама фамилия не связана с ремеслом, а просто означает «внук или сын Гануты», то есть маленького Ивана.