Фамилия Ганонченко — характерный пример украинской фамилии, образованной по продуктивной модели с суффиксом -енко. В украинской ономастике суффикс -енко — это основной патронимический показатель, означающий «сын» или «потомок». То есть Ганонченко буквально означает «сын Ганона» или «потомок Ганона». Основа фамилии — Ганон — является разговорной формой личного имени.

Здесь кроется главная загадка фамилии. Какое имя лежит в основе? Наиболее вероятная версия — что Ганон — это фонетический вариант канонического имени Антон (от латинского Antonius — «вступающий в бой», «противоборствующий»). В украинской народной традиции имя Антон часто переходило в формы «Гантон», «Гант», а затем, с утратой конечного «т», — в «Ганон». Это обычное явление: начальное «а» в заимствованных именах могло заменяться на «га» (сравните: Авраам — Гавраам, Андрей — Гандрей). Таким образом, Ганонченко — это «Антонович» по-украински, но в более простой, народной форме.

Менее убедительна версия о связи с польским или немецким корнем. Встречается редкая фамилия Ganon, но для украинского суффикса -енко такое заимствование маловероятно — обычно так оформляли прозвища или имена, уже бытовавшие в среде. Версия о происхождении от прозвища «Ганон» (возможно, от глагола «ганати» — бранить, порицать) тоже слаба: в таком случае фамилия скорее звучала бы как Гананченко, с сохранением корневого «а».

Фамилия Ганонченко — южноукраинская по ареалу. Она встречается в основном в центральных и восточных областях Украины (Полтавщина, Черкащина, Днепропетровщина). Это говорит о том, что предки носителей фамилии были, скорее всего, крестьянами или казаками, получившими фамилию в XVIII–XIX веках, когда патронимы на -енко массово закреплялись за сельским населением. Дворянских родов с такой фамилией не зафиксировано — это однозначно фамилия простого сословия.

В написании фамилии возможна вариативность: Ганонченко, реже Ганонченко (с ударением на втором слоге). В русском языке фамилия склоняется по правилам украинских фамилий на -ко: Ганонченко, Ганонченко, Ганонченко (мужской род — как существительное, женский — не склоняется).