Фамилия Гононченко — яркий пример украинской фамилии, образованной по самой распространённой в этой традиции модели. Суффикс -енко изначально означал «маленький» или «сын кого-то» (как современное отчество). Таким образом, Гононченко — это «сын Гононка» или «потомок человека по прозвищу Гонон».

Основа фамилии — Гонон — представляет собой более сложный случай. Скорее всего, это усечённая или диалектная форма от имени или прозвища. Прямого слова «гонон» в современном русском или украинском языке нет. Наиболее правдоподобная версия связывает корень с украинским словом «гонор» (честь, достоинство, амбициозность, иногда — гордость). В таком случае «Гонон» могло быть прозвищем гордого, заносчивого или, наоборот, принципиального человека, дорожащего своей честью. Переход «р» в «н» — явление редкое, но возможное в народной речи (как «калидор» вместо «коридор»).

Менее вероятная, но допустимая версия — связь с личным именем Гонорий (от лат. honor — «честь, уважение»), которое попало в православные святцы из католических. В быту имя могли сократить до Гонон, а затем добавить фамильный суффикс. Встречается и версия от польского слова gon (гон, преследование) или gonić (гнать, догонять), что могло дать прозвище «Гонон» быстрому, неутомимому человеку, но это уже совсем гадательно.

Географически фамилия Гононченко тяготеет к центральным и восточным областям Украины, где суффикс -енко является абсолютным лидером. Среди однокоренных — фамилия Гонон (без суффикса), Гононенко (с другим суффиксальным вариантом), а также Гонор и Гоноренко, которые подтверждают связь с «гонором». В дореволюционных переписях такие фамилии чаще всего принадлежали казацким и крестьянским родам, а не дворянству.

Если ваши предки носили фамилию Гононченко, скорее всего, родоначальник был человеком заметным, с характером — либо уважаемым за честность и прямоту, либо, напротив, известным своей непомерной гордостью. В любом случае, прозвище давалось не «серой мышке», а личности, которая выделялась на общем фоне.