Фамилия Ганпанцур — редкая, составная, и её расшифровка требует обращения к тюркским языкам, скорее всего, к кумыкскому или ногайскому. В основе лежит сложное слово, которое можно разбить на две части: «ган» (или «кан») и «панцур». Первая часть, «кан», в тюркских языках означает «кровь», а в переносном смысле — «род», «племя», «кровный родич». Вторая часть, «панцур», — искажённое «панжур» или «пенджер», что в ряде тюркских диалектов значит «пять». Получается смысловая конструкция «пять родов» или «пять кровей».

Такое имя-прозвище могло указывать на человека, происходящего из смешанного рода, объединявшего пять племён или семей, либо на того, кто был пришлым, «пятой кровью» в общине. В среде кумыков и ногайцев, где родоплеменные связи играли ключевую роль, подобные сложные прозвища фиксировали происхождение. Встречаются однокоренные фамилии: Ганпаша, Панцуров, Канпанов, что подтверждает продуктивность модели.

Фамилия не получила широкого распространения за пределами Северного Кавказа. Основной ареал — Дагестан и Ставропольский край, где проживают кумыки и ногайцы. Русский суффикс -ов здесь отсутствует: фамилия закрепилась в виде чистой основы, что характерно для тюркских фамилий, вошедших в русский обиход без переоформления. В паспортах и документах советского времени встречаются варианты Ганпанзур и Ганпанцоров, но исходная форма — самая архаичная.

Сословно носители фамилии, скорее всего, относились к свободным общинникам (узденям) или к служилым людям, но не к княжеским родам — слишком «говорящее» прозвище, указывающее на сборное происхождение. О точной дате появления фамилии говорить сложно: письменные фиксации таких прозвищ на Кавказе начинаются с середины XIX века, когда начался массовый учёт населения. До этого фамилия бытовала исключительно в устной традиции.