Фамилия Гануев — один из тех случаев, когда на слух корень кажется иноязычным, а на деле почти наверняка имеет тюркские или кавказские корни, адаптированные русской моделью. В основе почти всегда лежит личное имя или прозвище Гану (Гануй). Такое имя могло быть вариантом тюркского Ган (кровь, хан) или производным от арабского имени Гану, которое встречается у народов Северного Кавказа, особенно у осетин и ингушей. В осетинском языке, например, имя Гану могло означать «воин» или «сильный», а суффикс -ев указывает на принадлежность: «сын Гану» или «из рода Гану».

Суффикс -ев, а не -ов, — важная деталь. В русской ономастике он закрепляется за основами, оканчивающимися на мягкий согласный, шипящий или -й. Имя Гануй (с конечным -й) даёт именно такую модель: Гануй → Гануев. Это типично для фамилий, возникших на южных и восточных окраинах России, где русские окончания накладывались на местные имена. Если бы основа звучала как Ган, мы бы получили фамилию Ганов, но здесь мы видим именно адаптацию через полную форму имени.

Географически фамилия Гануев наиболее распространена на Северном Кавказе — в Чечне, Ингушетии, Северной Осетии, а также среди казаков Терского войска. У терских казаков, которые веками жили в тесном контакте с горцами, фамилии на -ев от местных имён — обычное дело. Менее вероятна, но всё же возможна версия, что фамилия восходит к старому русскому прозвищу Гануй — от глагола «ганить» (бранить, порицать). В этом случае прозвище давали ворчливому или сварливому человеку, но такая гипотеза слабее: у неё нет подтверждения в диалектных словарях, и она не объясняет концентрацию фамилии именно на Кавказе.

Интересно, что фамилия не имеет варианта с двойным н (Ганнуев), что косвенно подтверждает её происхождение от краткого имени, а не от полного Ганну. Сословная принадлежность носителей чаще всего была крестьянской или казачьей, но в XIX веке среди Гануев встречались и священники, и мелкие чиновники. В советское время фамилия не утратилась, но осталась локальной — за пределами Кавказа и юга России она редка.