Фамилия Ганяхины образована по очень редкой для русского ономастикона модели — с суффиксом -ах-. Это сразу выделяет её из массы стандартных фамилий на -ов/-ев и -ин. Суффикс -ах- (в форме родительного падежа множественного числа, застывшей в фамилиях на -их/-ых) встречается в основном в северных и сибирских говорах, а также в фамилиях украинского происхождения. В русской традиции фамилии на -ахины, -охины, -ухины фиксируются в документах XVI–XVII веков, но остаются штучным товаром.

В основе фамилии лежит прозвище Ганяха. Оно, в свою очередь, восходит к уменьшительной форме личного имени Ганя — народного варианта крестильного имени Агафон (от греч. agathos — «добрый, хороший») или Гавриил («сила Божья»). В русских диалектах «ганять» могло означать «гнать, понукать», но вряд ли прозвище строилось от глагола: суффикс -ах- в прозвищах чаще образует экспрессивные формы от имён (как Миняха от Миня, Степаха от Степан). Ганяха — это «маленький Ганя» или «Ганя с оттенком ласки/пренебрежения».

Географически фамилия тяготеет к регионам, где в прошлом были сильны северные говоры: Вологодская, Архангельская, Кировская области, а также к старообрядческим поселениям. В переписных книгах XVII века можно встретить крестьян Ганяхиных в Пошехонском уезде и на Вятке. Социально предки были, скорее всего, черносошными (государственными) крестьянами или посадскими людьми — у дворянских родов такая «простая» суффиксальная модель почти не встречается.

Сравнение с однокоренными фамилиями (Ганины, Ганюшкины, Ганьшины) показывает, что Ганяхины — более архаичный вариант, сохранивший старую диалектную форму. В современной России фамилия редкая: по разным подсчётам, её носит не более нескольких сотен человек, и большая часть сосредоточена в Кировской и Нижегородской областях.