Фамилия Ганюхин образована от имени или прозвища Ганюха. В основе лежит разговорная форма канонического имени Геннадий — Ганя. Уменьшительно-ласкательный вариант с суффиксом -юх- (Ганюха) типичен для севернорусской и сибирской традиции: такие формы давали в быту, а от них уже через притяжательный суффикс -ин возникала фамилия. Суффикс -ин указывает на принадлежность: «чей?» — Ганюхин, то есть сын, внук или человек из семьи Ганюхи.

Имя Геннадий в переводе с греческого означает «благородный, родовитый». Однако в крестьянской среде, где фамилия и закрепилась, о прямом значении мало кто задумывался: имя воспринимали как обычное церковное, а прозвище Ганюха — как свойское, домашнее. В документах XVII–XVIII веков встречаются крестьяне и посадские люди с именем Ганя, Ганька, но в фамилию перешла именно форма на -юха, что встречается реже, чем стандартные Ганькин, Ганин или Ганичев.

Фамилия Ганюхин — сравнительно редкая. По переписям и современным данным, её очаги находятся в Вологодской, Архангельской областях и в Пермском крае. Это косвенно подтверждает северное происхождение: суффикс -юх- характерен для северных говоров (ср. Ванюха, Манюха). В центральных и южных регионах России чаще использовали формы Ганюшкин, Ганюшин.

Другие возможные корни маловероятны. Например, связь с украинским словом «ганьба» (позор) или польским «ganić» (ругать) не подтверждается ни географией фамилии, ни типичными для таких основ суффиксами. Ганюхин — чисто русская фамилия, образованная от личного имени, и её носители в большинстве своём потомки крестьян или ремесленников Русского Севера.