Фамилия Гаптракипов — редкий пример фамилии, образованной от сложного арабо-тюркского личного имени. Она восходит к имени Гаптракип, которое состоит из двух частей: «гапт» (искажённое «абд» — «раб» в арабском языке) и «ракип» (от арабского «Ракиб» — «Наблюдающий», один из эпитетов Аллаха в исламе). Таким образом, имя Гаптракип означает «раб Наблюдающего», то есть «раб Всевыдящего». Это типичная для мусульманских народов модель теофорного имени, где первая часть указывает на служение Богу, а вторая — на одно из его имён.

Суффикс -ов указывает на русскую модель образования фамилий, которая закрепилась у многих тюркских народов (татар, башкир) после вхождения в состав Российского государства. Фамилия Гаптракипов буквально значит «потомок Гаптракипа». Встречается она преимущественно у татар и башкир, особенно в Башкортостане и Татарстане, что подтверждается данными современных телефонных справочников и переписей. Географическая привязка — северо-восток европейской части России.

В русском языке имя Гаптракип могло записываться по-разному: через «б» (Габдракип) или через «пт» (Гаптракип). Вариант с «пт» — результат адаптации арабского звука [б] к тюркскому произношению, где он мог оглушаться. Фамилия Гаптракипов — одна из форм этого имени, менее распространённая, чем Габдракипов, но более характерная для определённых диалектов или местных традиций записи.

Предки носителей этой фамилии, скорее всего, были крестьянами или ремесленниками, получившими фамилию по имени отца в XIX веке, когда государство массово закрепляло фамилии за нерусским населением. Никакого дворянского или купеческого сословия за этой фамилией не числится — это чисто крестьянский или мещанский антропоним. Известных носителей с общероссийской славой нет, что делает фамилию сугубо родовой и локальной.