Фамилия Гаптуллина — женская форма мужской фамилии Гаптуллин. Её основа восходит к арабскому имени Абдулгаппар (вариант — Абдулгаффар), что в переводе означает «раб Прощающего» (имеется в виду один из эпитетов Аллаха — аль-Гафур, Прощающий). В тюркской языковой среде, особенно у татар и башкир, длинные арабские имена часто сокращали и адаптировали: отсекали начальное «Абд-» и перестраивали оставшуюся часть по местным фонетическим законам. Так Абдулгаппар превратился в Гаппар, а затем — в Гаптулла. Суффикс -ин/-ын в русской передаче указывает на принадлежность: Гаптуллин буквально значит «сын Гаптуллы» или «из рода Гаптуллы».

Географически фамилия Гаптуллин (и её женская форма) распространена прежде всего в Татарстане, Башкортостане и среди татарских диаспор в других регионах России. Это типичная «патронимическая» фамилия, образованная по русской модели, но от мусульманского имени. Встречаются также варианты написания с одной буквой «л» — Гаптулин, но это скорее следствие упрощения при записи в документах, чем отдельная фамилия.

Интересная деталь: в отличие от многих русских фамилий на -ин, которые могли происходить от прозвищ или профессий, Гаптуллин — стопроцентный «именник». Предки носителей этой фамилии не были ни кузнецами, ни плотниками, ни боярами. Их родовая память уходит не к ремеслу, а к имени предка, который носил имя с религиозным смыслом — «раб Прощающего». Это подчёркивает, что фамилия формировалась в среде, где имя давалось по исламской традиции, а фамилия закреплялась уже в XIX–XX веках, когда начался массовый учёт населения.