Фамилия Гапуник образована от имени, а не от профессии или прозвища, хотя в народной этимологии её нередко связывают с шитьём или рассеянностью. Разберёмся по порядку.

Основа фамилии — украинское личное имя Гапон, народная форма канонического имени Агафон. В украинской традиции греческое Agathon («добрый», «благой») превратилось в Гапона, а уменьшительная форма — Гапуня. Суффикс -ник в украинских фамилиях указывал на принадлежность: Гапуник — «сын Гапуни», то есть потомок человека по имени Гапон или Гапуня. Со временем суффикс перестал осознаваться как «сыновний» и закрепился в качестве фамильного показателя, как в фамилиях Мельник, Писарник, Бондарник.

Вторая версия, менее убедительная, выводит фамилию напрямую от прозвища Гапа. Здесь возможны два корня. Первый — украинское «гапик», то есть петля для застёгивания одежды, что могло указывать на портного. Второй — польское gapa («ротозей, разиня»), и тогда Гапой называли рассеянного, зевающего человека. Но обе эти гипотезы слабее основной: имя Гапон было широко распространено, и уменьшительная форма Гапуня даёт естественное объяснение суффиксу -ник, тогда как прозвищная версия требует дополнительных допущений.

Географически фамилия тяготеет к западным и центральным областям Украины, где имя Гапон встречалось чаще. В России она редка и обычно фиксируется в регионах с украинским переселенческим фоном — на Кубани, в Воронежской области, на юге Сибири.

Таким образом, Гапуник — типичная украинская фамилия на -ник, образованная от уменьшительной формы имени Агафон. Её носитель вряд ли был портным или растяпой, а скорее всего — потомком человека, которого в семье или на селе звали Гапуней.