Фамилия Гартнер (в оригинале Gartner) — яркий пример «профессионального» именования, которое закрепилось за человеком по роду его занятий. В основе лежит древнегерманское слово «Garte», то есть «сад». Первый носитель фамилии, скорее всего, был садовником — возделывал участки, ухаживал за плодовыми деревьями или огородом. Такие фамилии по ремеслу были распространены во всех германских землях, и Гартнер стоит в одном ряду с немецкими Мюллерами (мельниками) или Шмидтами (кузнецами).

Однако есть и другая, менее очевидная версия происхождения. Исследователи проводят параллель с английским словом «garth», которое в староанглийском и скандинавских языках означало не сад, а «запруду для ловли рыбы» или «ограду, заграждение». Если принять эту гипотезу, предок Гартнер мог быть не садовником, а рыбаком, устроившим запруду, или стражем, смотрителем огороженной территории. Оба варианта возможны, но первый — «садовый» — встречается чаще и поддерживается большинством ономастических словарей, так как связь с садоводством для немецких фамилий более типична и прозрачна.

В русском языке фамилия Гартнер не претерпела типичной славянской обработки (не получила суффиксов -ов или -ин), что указывает на её относительно позднее появление в России — скорее всего, среди переселенцев-немцев в XVIII–XIX веках. В немецком варианте фамилия пишется как Gärtner (с умлаутом и суффиксом деятеля -er), что буквально и значит «садовник». Форма без умлаута — Gartner — встречается реже, но тоже фиксируется, и именно в таком виде фамилия чаще всего ассимилировалась в русскоязычной среде.