Фамилия Гайбонюк образована от прозвища Гайбон по распространённой в украинской и белорусской ономастике модели с суффиксом -юк. Этот суффикс указывает на принадлежность: Гайбонюк — буквально «сын Гайбона» или «потомок Гайбона». Такая модель типична для западных регионов, особенно Волыни, Подолья и Полесья, где фамилии на -юк встречаются чаще, чем на -енко.

Что означало само прозвище Гайбон? Самая убедительная версия связывает его с диалектным глаголом «гайбать» — «толкнуть, сдвинуть с места». В этом случае Гайбоном могли прозвать человека крепкого, сильного, способного сдвинуть тяжёлый груз или, в переносном смысле, — того, кто «сдвинул дело с мёртвой точки». Корень слова, вероятно, относится к южнорусским или украинским говорам, где «гайбать» фиксируется в значении «качать, раскачивать».

Менее вероятна версия, возводящая прозвище к арабскому «гайб» (невидимый, тайный). Для фамилии, бытовавшей в среде православного крестьянства Волыни или Галичины, арабское заимствование маловероятно без посредничества тюркских языков, но и следов такого влияния в регионе нет. Скорее всего, это случайное звуковое совпадение.

Интересная деталь: фамилия Гайбонюк почти не встречается за пределами Украины, а её варианты (Гайбон, Гайбоненко, Гайбончук) показывают, что прозвище было живым и продуктивным в народной среде. Носители фамилии, судя по географии, — потомки крестьян или ремесленников, которым прозвище дали по внешней или деятельной характеристике, а не по роду занятий.