Фамилия Гайдулян — яркий пример армянской модели фамилии, образованной с помощью суффикса -ян, который в русской передаче часто выглядит как -ян. Этот суффикс восходит к древнеармянскому -янц, означавшему «из рода такого-то» или «принадлежащий к дому». В основе фамилии лежит прозвище или имя Гайдул, которое, в свою очередь, скорее всего, не имеет армянского происхождения, а является заимствованием из тюркских или славянских языков.

Самая вероятная версия связывает основу с тюркским словом «гайдук» (hayduk, haydut). В Османской империи так называли разбойников, повстанцев, народных мстителей, а в более широком смысле — вольных людей, ушедших в леса и горы. У южных славян (болгар, сербов, хорватов) «гайдуками» называли участников антитурецкой борьбы. В Венгрии и Речи Посполитой «гайдуками» именовали легкую пехоту или вооруженных слуг. Таким образом, прозвище Гайдул могло указывать либо на род занятий (воин, стражник), либо на характер (буйный, свободолюбивый, непокорный), либо на происхождение из социальной группы гайдуков.

По другой версии, Гайдул — это адаптированная форма арабского имени Гайдар (Хайдар), означающего «лев». В тюркской среде это имя давали храбрым и сильным воинам. Армянские фамилии нередко вбирали в себя имена и прозвища из соседних культур, особенно в регионах исторической Западной Армении, где армяне веками жили бок о бок с турками и курдами. Фонетический переход «р» в «л» на конце слова (Гайдар → Гайдул) для армянской речи нехарактерен, поэтому эта версия менее убедительна, чем версия о прозвище по роду деятельности.

Фамилия Гайдулян распространена среди армян, чьи предки происходили из Западной Армении (территории современной восточной Турции), а также из Нагорного Карабаха. Встречается она и у армян, переселившихся на Кубань, в Ростовскую область и в Краснодарский край. Суффикс -ян не оставляет сомнений в армянской природе фамилии, хотя её основа — яркий след многовековых контактов армян с тюркским и славянским миром. Человек с фамилией Гайдулян мог быть потомком вольного стрелка, пограничного стража или просто человека с боевым, независимым нравом.