Фамилия Гефсиманская — редчайший случай в русском ономастиконе. Её основа не прозвище, не ремесло и не имя, а библейский топоним: Гефсиманский сад (место, где, по Евангелию, молился Иисус перед арестом). В русскую культуру слово вошло через церковнославянский язык из греческого (Γεθσημανή), а то — из арамейского, где оно означало «масличный пресс» или «давильня для оливок». Фамилия, таким образом, несёт прямую отсылку к священной географии.

Как она могла возникнуть? Почти наверняка — в среде духовенства. В XVIII–XIX веках семинаристам при поступлении нередко давали «искусственные» фамилии — благозвучные, книжные, часто связанные с церковными праздниками, иконами или евангельскими местами. Гефсиманская — типичная «семинарская» фамилия, образованная по модели притяжательных прилагательных с суффиксом -ск-. Её могли получить выпускники духовных училищ, либо она закрепилась за семьёй, жившей при храме, названном в честь Гефсиманского сада (например, при подворье Гефсиманского скита в Троице-Сергиевой лавре).

Женское окончание -ая здесь не случайно: в русской традиции фамилии на -ский/-ская склоняются по роду. Гефсиманский — мужской вариант, Гефсиманская — женский, но в быту обе формы указывают на одно родовое гнездо. Встречается фамилия крайне редко, преимущественно в центральных областях России, где были сильны монастырские традиции.

Других версий происхождения — от прозвища или географического названия вроде деревни Гефсимановка — не существует. Никаких светских корней у фамилии нет: она целиком обязана церковной книжности. Носители её, скорее всего, потомки священно- и церковнослужителей, получивших фамилию при обучении или рукоположении.