Фамилия Гефсиманский — редкий случай, когда фамилия произошла не от имени, прозвища или профессии, а напрямую от библейского топонима. В основе лежит Гефсимания — местность у подножия Елеонской горы в Иерусалиме, где, по Евангелию, Иисус молился перед арестом. Само слово «Гефсимания» восходит к арамейскому «гат-шманим», что значит «масличный пресс»: там давили оливки для масла.

Суффикс -ск- указывает на типичную модель образования русских фамилий от географических названий, часто — от названий монастырей, храмов или сёл. Гефсиманский — это, скорее всего, фамилия, данная выпускнику духовной семинарии. В XIX веке в России существовала традиция: будущим священникам, особенно из простых семей, при поступлении в семинарию меняли «неблагозвучные» фамилии на более возвышенные, связанные с церковными праздниками, именами святых или библейскими местами. Так появлялись фамилии Преображенский, Вознесенский, Вифлеемский и, конечно, Гефсиманский.

Версия о том, что фамилия могла возникнуть от названия населённого пункта, маловероятна. В России нет сёл или деревень с таким названием, хотя существует Гефсиманский скит — известный скит в Троице-Сергиевой лавре. Однако фамилию вряд ли давали по месту жительства при ските — скорее, её выбирали как «говорящую», символическую, подчёркивающую смирение и связь с евангельскими событиями.

Таким образом, носитель фамилии Гефсиманский с высокой вероятностью происходит из семьи священно- или церковнослужителей, а сама фамилия — искусственное семинарское образование, распространённое среди духовного сословия в центральных губерниях России. Встречается она редко: по разрозненным данным, основная масса носителей сосредоточена в Москве, Санкт-Петербурге и Поволжье, что подтверждает её «книжное», а не крестьянское происхождение.