Фамилия Гегедия — редкий случай, когда ареал бытования почти не оставляет сомнений в происхождении. Она отчетливо грузинская, и ее основа — грузинское личное имя или прозвище. В грузинском языке есть слово «геге» (გეგე), которое означает «башня» или «крепость», а также может относиться к чему-то высокому, возвышающемуся. Суффикс -ия (в грузинской передаче -ია) — один из самых распространенных патронимических формантов в Западной Грузии, особенно в регионах Гурия, Имеретия и Мегрелия. Таким образом, Гегедия — это, скорее всего, «принадлежащий к роду Геге» или «потомок Геге», где Геге — прозвище человека, жившего у башни, строившего башни или обладавшего соответствующим характером — несгибаемого, «крепкого как башня».

Интересно, что фамилия не вписывается в привычную для русского уха модель на -ов/-ев или -ин. Это объясняется тем, что она пришла в русский язык уже в готовом грузинском виде, без русификации окончания. В дореволюционных документах можно встретить варианты написания «Гегедиа» или «Гегедиев», но форма «Гегедия» закрепилась как основная. В Грузии фамилия встречается нечасто, но концентрируется в районах, где говорят на мегрельском или имеретинском диалектах.

С точки зрения социального статуса, носители фамилии могли быть как крестьянами, жившими у сторожевых башен (характерных для горной Грузии), так и представителями мелкого дворянства — азнаурами, которые нередко брали фамилию по месту жительства или родовому укреплению. Однозначно утверждать, что предок был строителем или владельцем башни, нельзя, но прозвищная природа фамилии указывает именно на такую связь — человека «обозвали» по заметному ориентиру в ландшафте или по его собственной «башенной» стать.

В русскоязычной среде фамилия остается экзотической, и ее носители — это, как правило, потомки грузинских эмигрантов или людей, переехавших в Россию в советское время. Склоняется она по правилам существительных женского рода на -ия: Гегедия, Гегедии, Гегедию.