Фамилия Гегеня — случай, когда география и языковой контекст говорят громче, чем прозрачная внутренняя форма. В центральной России вы её почти не встретите: это южная, причерноморская фамилия, и её корни, скорее всего, ведут в греческую или тюркскую среду Северного Причерноморья и Крыма.

Самая вероятная версия — греческое происхождение. В новогреческом языке есть фамилии на -енис, -акос и другие, но форма Гегеня могла возникнуть из греческого имени или прозвища, связанного с глаголом γίνομαι («гиноме» — «становиться, происходить»). В таком случае фамилия могла означать «рождённый», «происходящий» или быть прозвищем пришлого человека. Звуковое оформление — ударный второй слог (Геге́ня) — характерно для греческих фамилий, адаптированных в русской среде.

Вторая версия, менее популярная, но имеющая право на существование, — тюркская. В тюркских языках есть корни, передающие идею «широкого», «просторного» или «открытого». Однако убедительных параллелей с конкретным тюркским словом, которое бы дало фамилию Гегеня, в доступных словарях нет. Поэтому основной гипотезой остаётся греческая.

Фамилия не имеет типичного русского фамильного суффикса (-ов, -ин, -ский), что указывает на её позднее вхождение в русский обиход и сохранение иноязычной основы в почти неизменном виде. Такие фамилии часто закреплялись за переселенцами из греческих колоний, а также за греками, которые жили в Крыму и Приазовье и после присоединения этих территорий к Российской империи входили в состав русского крестьянства или мещанства. Предки Гегеня могли быть ремесленниками, торговцами или рыбаками причерноморских городов.

В отличие от фамилий с прозрачным значением («Кузнецов»), Гегеня хранит загадку. Её носителям стоит искать семейные предания, связывающие род с греческими общинами Мариуполя, Феодосии или Таганрога, — именно там такие фамилии оседали и давали начало новым поколениям.