Фамилия Гёкчакян — армянская, и её разумнее всего разбирать, отталкиваясь от корня и суффикса. Основа «Гёкча» почти наверняка восходит к названию озера Севан: по-армянски оно звучит как Գեղամա (Гехама), но в тюркских языках, распространённых в регионе, закрепилась форма «Гёкча» (gök — «голубой», «небесный», а «ча» — уменьшительный суффикс). То есть озеро называли «Голубеньким» или «Небесным». От этого топонима образовали прозвище или родовое имя для человека, который был родом с берегов Севана или имел к нему отношение.

Суффикс «-ян» (в старой орфографии «-янц») — типичный армянский патронимический показатель, означающий «из рода» или «принадлежащий». В русской традиции он выполняет ту же роль, что и русские «-ов» или «-ин». Таким образом, Гёкчакян буквально значит «из рода того, кто с Гёкчи» или «потомок выходца с озера Гёкча». Это один из самых частых типов армянских фамилий, образованных от географических названий.

Интересная деталь: написание через «ё» и «кч» выдает не столько армянскую, сколько русскую или советскую транскрипцию. В самой Армении фамилию записывали бы как Գյոքչակյան (Гёкчякян) или Գյոկչակյան, а в диаспоре, особенно в западных вариантах, она могла превратиться в Кёкчян или Гёкчян. Сочетание «Гё» с «ё» — это попытка передать специфический армянский звук [гйо], который в русском языке не имеет точного аналога.

Версия, что фамилия могла произойти от личного имени Гёкча (редкого тюркского имени со значением «небесный»), тоже возможна, но менее вероятна. Армянские фамилии на «-ян» от тюркских имён встречаются, но в данном случае географическая привязка к Севану — настолько мощный и очевидный пласт, что именно топонимическое происхождение выглядит основным.

Сословно фамилия ничего не говорит: носителем мог быть и крестьянин из приозёрного села, и ремесленник, и священник. Главное, что предки этого человека, скорее всего, жили на востоке современной Армении, в районе Севана, и их прозвали по месту — «севанскими».