Фамилия Гепштейн — один из вариантов более известной фамилии Эпштейн. В основе лежит немецкий топоним Eppstein: так называются несколько местечек в Германии, в частности в Палатинате и Гессене. Родоначальник фамилии, скорее всего, был уроженцем одного из этих селений. Само название Eppstein складывается из двух немецких слов: Ebur («дикий боров») и Stein («камень»).

Фамилия Гепштейн распространена в еврейской среде. Для еврейских фамилий, образованных от немецких корней, вообще характерны необычные сочетания: Вейценбаум («пшеничное дерево»), Зауэрштром («кислый поток»), Левенфиш («рыба-лев»), Цигенбаум («козье дерево») или Квечман («высказываться неохотно»). Гепштейн стоит в этом ряду как пример фамилии, указывающей на конкретное географическое происхождение, но с характерной фонетической адаптацией: начальное «Э» в ряде говоров перешло в «Г», что дало форму Гепштейн.