Фамилия Гертаковский образована от прозвища Гертак, которое, вероятно, восходит к немецкому слову Gerte - «прут, розга, хворостина, хлыст». Согласно этому, можно предположить, что основатель рода Гертаковских был худым и высоким человеком либо часто использовал порку как средство воспитания. По другой версии, в основе этого прозвища лежит литовский глагол gerti - «пить, пьянствовать». В таком случае, Гертаком могли прозвать человека, который злоупотреблял алкогольными напитками. Таким образом, потомок человека, обладающего прозвищем Гертак, со временем получил фамилию Гертаковский.