Фамилия Гесня — редкий случай в русском ономастиконе, где прозрачность корня обманчива. На слух она кажется то ли польской, то ли белорусской, но при ближайшем рассмотрении почти наверняка оказывается искажённым написанием или фонетическим вариантом более распространённой фамилии.

Самый вероятный путь её происхождения — от прозвища или имени Гесня, которое в свою очередь могло возникнуть из диалектного глагола «геснуть» (гаснуть, тухнуть) или существительного «геснь» (угасание, закат). В северных и сибирских говорах слово «гаснуть» произносили через «е» — «геснуть». Тогда прозвище Гесня давали либо медлительному, «вялому» человеку, либо тому, кто работал при огне — например, кузнецу или сторожу у горна. В этом случае фамилия образована по продуктивной модели с суффиксом -я, характерной для прозвищ (ср. Гуля, Рыжа, Кривя).

Вторая, более прозаичная версия — описка или адаптация фамилии Гесне, которая встречается у литовских и белорусских татар (от тюркского «гесне» — песня, напев). При переезде в русскоязычную среду окончание -е могли переосмыслить как -я, и фамилия стала звучать как Гесня. Эта гипотеза объясняет, почему фамилия крайне редка и не имеет массового распространения ни в одной из областей России.

Третья возможность — связь с корнем «господь» через украинское «господня» (божья), но для такого перехода нужна устойчивая диалектная черта, которая не фиксируется. Поэтому эта версия считается маловероятной.

Суффикс -я в основе указывает, что фамилия закрепилась в форме прозвища без дополнительных родовых окончаний (-ов, -ин). Такие фамилии типичны для западнорусских и украинских земель, где патронимы на -енко и -ук вытесняли «чистые» прозвища, но в отдельных семьях они сохранялись. В современной России Гесня встречается единично, в основном на юге и в центральных областях, что косвенно подтверждает версию о миграции носителей с запада или юго-запада.

Поскольку фамилия не попала в основные ономастические словари (Унбегаун, Никонов), её точная этимология остаётся гипотетической. Однако для потомков важнее другое: предок, носивший такое прозвище, почти наверняка был простым человеком, чью особенность — характер, ремесло или внешность — окружающие запомнили одним метким словом.