Фамилия Гисня — редкая и неочевидная с точки зрения происхождения. В ней нет типичных русских фамильных суффиксов вроде -ов или -ин, что сразу наводит на мысль: перед нами нестандартная модель. Скорее всего, фамилия застыла в форме, близкой к исходному прозвищу или имени, без добавления патронимического суффикса. Такое встречается у фамилий украинского, белорусского или польского происхождения, а также у тех, что образованы от прозвищ в именительном падеже.

Корень «Гисн-» не имеет очевидных параллелей в славянской лексике. Если отталкиваться от звучания, можно предположить связь с диалектным глаголом «гиснуть» или «гиснути», который в некоторых говорах означал «гнить», «портиться», «исчезать». В украинском языке есть слово «гиснути» со значением «вянуть, чахнуть, пропадать». Прозвище Гисня могли дать человеку болезненному, худому или, наоборот, в ироничном ключе — как оберег от сглаза. Однако это лишь гипотеза: без письменных фиксаций XIX века утверждать что-то сложно.

Возможен и неславянский след. Фамилия может быть адаптацией немецкой или еврейской фамилии, записанной на слух. Например, немецкое Giesn (от личного имени Giesbert или от названия местности) при переселении в Российскую империю могло превратиться в «Гисня». Учитывая, что фамилия встречается крайне редко, её носители, скорее всего, сосредоточены в одном или нескольких регионах — например, на западе Украины или в южных областях России, где исторически были немецкие колонии.

По модели образования фамилия похожа на прозвищные фамилии вроде «Гнида», «Гнилой» или «Гниляк» — то есть образованные от характеристики человека, но без привычного оформления. Если бы фамилия была русской по происхождению, ожидалась бы форма «Гиснев» или «Гиснин». Её отсутствие говорит о том, что носители либо не проходили через стандартную русификацию фамилий, либо фамилия закрепилась в иноязычной среде.

На данный момент надёжных сведений о дворянском или крестьянском происхождении фамилии Гисня нет. В дореволюционных источниках она не встречается среди известных родов. Это типичная «народная» фамилия, которая могла возникнуть в глухой деревне и остаться локальной. Единственный способ уточнить её историю для конкретной семьи — работа с метрическими книгами и ревизскими сказками по месту проживания предков.