Фамилия Гибилинда резко выбивается из привычного ряда русских фамилий — в ней нет ни привычного суффикса -ов/-ев, ни -ин, ни -ский. Перед нами редкий случай, когда фамилия сохранилась в исходной форме прозвища или имени, не обрастая типовым патронимическим окончанием. Такие «голые» фамилии в русской традиции встречаются, но обычно уходят корнями в украинскую, белорусскую или польскую среду, где модель на -а, -о, -ич распространена шире. Скорее всего, Гибилинда — это украинская или южнорусская фамилия, записанная в той форме, в какой её застала фиксация в документах.

Основа фамилии звучит как сложное слово или переосмысленное иноязычное имя. Первая часть — «Гибил» — может восходить к тюркскому или кавказскому имени с корнем «гиби» (подобный, похожий), но это лишь гипотеза. Вторая часть — «инда» — напоминает уменьшительный суффикс, характерный для западнославянских и балканских языков. Однако вероятнее, что перед нами не славянское, а итальянизированное имя: в итальянском есть имя Ibelinda (Ибелинда), которое могло попасть в русскую речь через греческое или молдавское посредничество. В Молдавии и на юге Украины в XIX веке фиксировались фамилии с романскими корнями, которые затем русифицировались на слух.

Другая версия ведёт к немецкому или еврейскому происхождению. В немецких диалектах «Gib» — форма глагола «geben» (давать), а «Linde» — липа, но соединение в одно слово выглядит искусственным. Более правдоподобно, что Гибилинда — это искажённое еврейское имя Гивлинда (от Гив — холм и Линда — женское имя), которое при переселении в восточноевропейские черты оседлости могло получить такое написание. Среди еврейских фамилий, образованных от женских имён, встречаются похожие конструкции.

В любом случае, носители фамилии Гибилинда — это не потомки древнего боярского рода, а, скорее всего, выходцы из многонациональной среды Новороссии, Бессарабии или Подолья, где смешивались украинские, молдавские, еврейские и польские элементы. Фамилия не имеет очевидного «ремесленного» или «географического» значения — она образована от личного имени или прозвища, которое для современного уха звучит экзотично, а для предка было обычным обращением. Встретить Гибилинду сегодня можно в основном в южных областях Украины и в России, куда переселялись крестьяне в конце XIX — начале XX века.