Фамилия Гидеон — редкий пример фамилии, образованной напрямую от полной, а не уменьшительной формы крестильного имени. В основе лежит старинное имя Гидеон (в церковнославянской традиции — Гедеон), которое восходит к древнееврейскому слову со значением «разрушитель» или «рубящий». Так звали ветхозаветного героя, одного из десяти израильских судей, освободившего израильские племена от многовекового ига; в Православии он почитается в сонме пророков (память 26 сентября по Юлианскому календарю, то есть 9 октября по Григорианскому).

С точки зрения словообразования фамилия Гидеон стоит особняком. В русской ономастике фамилии от полных форм имени (без суффиксов -ов/-ев, -ин) встречаются нечасто. Обычно так закреплялись прозвища или имена, принесённые из других культур. В данном случае фамилия могла возникнуть в среде духовенства: семинаристы нередко получали фамилии по именам библейских персонажей, и форма «Гидеон» (а не «Гедеонов») — признак книжного, а не бытового происхождения. Не исключён и другой путь — через еврейскую среду, где имя Гидеон (Гидон) бытовало без русифицирующих суффиксов.

В отличие от массовых фамилий вроде Иванов или Петров, Гидеон не даёт подсказок о сословии предка по суффиксу. Однако само имя — ветхозаветное, а не новозаветное — указывает на возможную связь носителя со старообрядчеством или с семинарской традицией, где ценились редкие библейские имена. География фамилии неширокая: встречается в России, на Украине и в Беларуси, но без ярко выраженного регионального ядра.