Фамилия Гифон — редкая и неочевидная с точки зрения происхождения. Чтобы понять её корни, стоит начать не с основы, а с суффикса, который сразу указывает на модель образования. Фамилия заканчивается на -он, что нехарактерно для русских фамилий, образованных от полных имён (там чаще -ов, -ин). В русской ономастике суффикс -он встречается в фамилиях, которые произошли от прозвищ или имён через украинское или белорусское посредничество. Однако в случае с «Гифон» более вероятно, что перед нами фамилия, записанная на слух и сохранившая иноязычную основу.

Самое правдоподобное объяснение — связь с греческим именем Гифон (Γύθων). В древнегреческой мифологии Гифон — это сторукий великан, одно из чудовищ, помогавших Зевсу в борьбе с титанами. Имя встречается в античных текстах, но в качестве личного имени оно было редким. Вряд ли предки носителя фамилии напрямую звались в честь мифологического персонажа. Скорее, имя могло попасть в русскую среду через греческих священников или монахов, которые приходили на Русь в XVI–XVII веках, или через южнославянские земли. В этом случае фамилия образована от канонического (крестильного) имени, которое давали в честь святого, а не мифа, — но следов такого святого в православных святцах нет.

Вторая версия — прозвищное происхождение от диалектного слова. В некоторых говорах русского севера и Сибири «гифон» могло означать нечто вздутое, набухшее, возможно, связанное с глаголом «гифнуть» (ударить, стукнуть) или с «гибать» (гнуть). Но это лишь предположение: фиксаций такого слова в авторитетных словарях русских говоров нет. Если прозвище и существовало, оно могло относиться к внешности или характеру человека — например, к крупному, «надутому» человеку.

Географически фамилия не привязана к какому-то одному региону России. В современных базах данных (например, в телефонных справочниках или списках избирателей) носители фамилии Гифон встречаются единично, в основном в центральной России и на Урале. Это подтверждает, что фамилия не массовая и, вероятно, имеет единый корень — либо от одного переселенца, либо от редкого имени, которое не получило широкого распространения.

Сравнение с однокоренными фамилиями (Гифонов, Гифов) показывает, что основа «Гиф-» встречается крайне редко. Фамилия Гифон — скорее всего, «застывшая» форма греческого имени, которая не подверглась русификации через суффикс -ов. Такое могли принести греческие купцы или духовные лица, которые оседали в России и чьи потомки сохранили фамилию в исходном виде. Версия с прозвищем менее надёжна из-за отсутствия словарных подтверждений, но полностью исключать её нельзя.