Фамилия Гефон — редкий случай, когда корень слова почти наверняка не славянский, а западноевропейский, скорее всего, французский или немецкий. В русском языке она не имеет прозрачной внутренней формы, то есть не отсылает к какому-либо известному ремеслу, прозвищу или крестильному имени. Для человека, ищущего свои корни, это главная зацепка: фамилия не могла возникнуть в крестьянской среде центральной России в XVII–XVIII веках — её носителями, вероятнее всего, были иностранцы на русской службе или обрусевшие выходцы из Европы.

Словообразовательный строй фамилии нестандартен. В ней нет типичных русских суффиксов (-ов, -ин, -ский). Окончание -он может указывать на французское или немецкое происхождение. Во французском языке суффикс -on часто образует уменьшительные формы (например, Gaufron от Gaufre — вафля), либо фамилия могла возникнуть от топонима. В немецком языке фамилия Gefon (или Gäfon) могла быть записана на слух как вариант фамилии Geffen или Gäfgen, что характерно для еврейских фамилий ашкеназского происхождения, образованных от названий городов (например, Гёфен в Баварии) или от слова «Gefäß» (сосуд) в значении профессии бондаря.

Вторая версия, менее вероятная, но имеющая право на существование, — греческое происхождение. В греческом языке существует слово «γέφυρα» (гéфира) — мост. Фамилия Гефон могла быть сокращённой формой от прозвища мостостроителя или человека, жившего у моста. Однако в русских документах греческие фамилии с таким окончанием почти не встречаются, в отличие от фамилий на -пулос или -идис.

География бытования фамилии в России крайне узкая. По данным открытых источников, основные носители сосредоточены в Москве и Санкт-Петербурге, единичные случаи — на юге России. Это подтверждает версию о городском, интеллигентском происхождении: в XIX — начале XX века в столицах селились иностранные специалисты (врачи, инженеры, музыканты) и их потомки. Фамилия не встречается в массовых крестьянских переписях, что исключает её автохтонное русское происхождение.

Таким образом, фамилия Гефон — это, скорее всего, обрусевшая западноевропейская фамилия, принесённая в Россию не ранее второй половины XVIII века. Точное значение зависит от исходного языка: от французского «маленькая вафля» или «житель местечка Гёфен» до немецкого «бондарь». Без конкретного генеалогического исследования семьи (архивных метрик, ревизских сказок) определить единственный корень невозможно, но круг поиска сужается до городских записей XIX века, а не до сельских погостов.