Фамилия Гиннэ — редкий случай в русском ономастиконе. Сразу обращает на себя внимание окончание -э, которое совершенно нетипично для исконно русских фамилий. В русской традиции фамилии чаще всего заканчиваются на -ов/-ев, -ин, -ский, реже на -их/-ых или -ко. Окончание -э выдает в фамилии иноязычное происхождение, скорее всего, западное.

Самый вероятный путь появления фамилии Гиннэ в России — через немецкое или еврейское (ашкеназское) влияние. В немецком языке фамилия могла быть записана как Ginne или Ginné, а в русской передаче закрепилось ударное -э. Возможна связь с диалектным немецким словом «Ginne» (курица) или с личным именем Гинн (Ginn), сокращенной формой от имени Иоганн (Ганс). У евреев-ашкеназов фамилия могла возникнуть от аббревиатуры или от названия местечка, но это менее вероятно, так как типичные еврейские фамилии на -э (например, Гинзбург, Гинцберг) обычно имеют более прозрачную топонимическую основу.

Вторая версия, хоть и спорная, связывает фамилию с финно-угорскими языками. В некоторых диалектах карельского и вепсского языков есть корень «ginn-», означающий «колено» или «сустав». Однако фамилии с таким окончанием у финно-угорских народов встречаются редко; чаще они оформляются по-русски суффиксами -ов или -ин. Поэтому эта гипотеза остается лишь предположением.

В России фамилия Гиннэ крайне малочисленна. По данным современных баз, она встречается в основном в Санкт-Петербурге и Ленинградской области, что косвенно подтверждает ее прибалтийско-немецкие или финские корни — регион исторически связан с немецкими колонистами и переселенцами из Финляндии. Носители фамилии в XIX веке могли быть ремесленниками, мелкими торговцами или лютеранскими священниками.

Написание фамилии устойчивое — с двумя «н» и твердым «э» на конце. Встречаются единичные варианты Гинэ (с одной «н») или Гинне, но они являются скорее ошибками записи, чем самостоятельными формами. Поскольку фамилия редкая, ее происхождение точно можно установить только через генеалогическое исследование конкретной семьи — изучение метрических книг лютеранских приходов или архивных записей о переселенцах.