Фамилия Гиновер — редкая и неочевидная для русского уха. Её происхождение вызывает споры, но наиболее вероятная версия указывает на топонимическую основу, а не на прозвище или профессию.

Первый и самый явный вариант — связь с географическим названием. Фамилия могла образоваться от названия населённого пункта, например, от деревни или местечка с корнем «Гинов-». Такие топонимы встречаются в Восточной Европе: в Польше есть деревня Гиново (Ginowo), в Беларуси — Гиновичи. В таком случае фамилия указывает на выходца из этих мест. Суффикс -ер в русских фамилиях нетипичен: он характерен для немецких, еврейских (ашкеназских) и польских фамилий, где -er часто обозначает «житель» или «уроженец» чего-либо (сравните с Берлинер, Варшавер). Таким образом, Гиновер могло означать «тот, кто из Гиново» или «житель местности Гинов».

Вторая версия, менее распространённая, но допустимая, — искусственное происхождение. В XIX веке при присвоении фамилий еврейскому населению Российской империи нередко брали за основу библейские имена или красивые созвучия. Корень «Гин» может отсылать к имени Гинеа (из рода Манассии, упомянутого в Ветхом Завете), а суффикс -ер делал фамилию звучащей «по-немецки», что было престижно. Однако эта гипотеза слабее: прямых библейских аналогов для «Гиновер» нет, а имя Гинеа в быту почти не использовалось.

Словообразовательная модель фамилии необычна для славянского ареала. В русских фамилиях редко встречается суффикс -ер: он чужд стандартным патронимическим суффиксам (-ов, -ин, -ский). Это сразу выдаёт в фамилии либо западное (польское, немецкое) происхождение, либо позднее искусственное конструирование. В польском языке суффикс -er встречается в фамилиях типа Гинер, Гинерович, а «Гиновер» — его вариант с уточнением на -ов-.

Сословная принадлежность предков по фамилии не определяется: носители Гиновер могли быть и крестьянами, переехавшими из деревни, и мещанами, и еврейскими ремесленниками. Единственное, что можно сказать с уверенностью: фамилия не древнерусская, её появление относится к XVIII–XIX векам, когда активно фиксировались фамилии по месту жительства или происхождения.

В современной России фамилия Гиновер встречается единично, чаще — в Москве, Санкт-Петербурге и на юге страны. За рубежом, особенно в Израиле и США, она может быть записана как Ginover или Ginover.