Фамилия Гиновкер — один из тех случаев, когда на слух сразу ясно: корни не славянские, а скорее всего ашкеназские. Это типичная фамилия еврейского происхождения, и её образование подчиняется законам идиша, а не русской морфологии. В отличие от фамилий на -ов или -ин, которые указывают на принадлежность отцу, Гиновкер построена по модели, распространённой среди евреев Восточной Европы: основа + суффикс -ер, обозначающий человека по месту жительства или роду занятий. В данном случае основа — Гин (или Гинь), а суффикс -овкер — это слегка искажённая на письме форма от -овкер, которая восходит к названию населённого пункта.

Самая вероятная версия: фамилия образована от названия местечка Гиновка (или Гиньковка) на территории современной Украины или Беларуси. В идише такие названия часто адаптировались с окончанием -овке, а человек оттуда становился «Гиновкер» — то есть «тот, кто из Гиновки». Таких топонимических фамилий у ашкеназов множество: например, Варшавер (из Варшавы) или Лейпцигер (из Лейпцига). В случае с Гиновкер географическая привязка менее очевидна, потому что крупных городов с таким именем нет, но мелкие селения и хутора с корнем «Гин» в XIX веке встречались в Подольской и Киевской губерниях.

Менее распространённая, но тоже допустимая гипотеза связывает фамилию с личным именем Гина (уменьшительное от Гинда, популярного в идише женского имени). Тогда Гиновкер — это «муж Гины» или «сын Гины», что тоже вписывается в модель фамилий на -ер, обозначающих родство. Однако топонимическая версия выглядит правдоподобнее: суффикс -овкер в фамилиях чаще привязывается к месту, чем к имени.

Написание фамилии — Гиновкер, а не Гиновкерь или Гиновкеръ — окончательно закрепилось в паспортных записях Российской империи конца XIX века, когда еврейские фамилии записывали на русский лад, отбрасывая идишские окончания. Если предки носителя фамилии жили в черте оседлости, то, скорее всего, они были ремесленниками или мелкими торговцами: топонимические фамилии не указывают на сословие, но в тех местах еврейское население в основном занималось именно этим. Дворянских или крестьянских корней у Гиновкер, в отличие от русских фамилий, искать не стоит — это чисто местечковая история, уходящая в еврейские общины Украины или Беларуси.