Фамилия Гиноян — типичный пример армянской родовой фамилии, образованной по модели «имя предка + патронимический суффикс -ян». В армянской традиции суффикс -ян (а в древней форме -янц) заменяет русские -ов/-ев и означает «из рода такого-то». Таким образом, фамилия Гиноян буквально переводится как «из рода Гино».

В основе фамилии лежит армянское мужское имя Гино. Скорее всего, это краткая форма от имени Гинос, которое, в свою очередь, является армянским аналогом греческого имени Евгений («благородный»). В армянском языке, как и во многих других, часто усекали полные имена до более коротких обиходных форм, которые затем закреплялись в качестве фамилий. Покровителями имени Евгений почитаются несколько святых, в том числе священномученик Евгений, проповедовавший христианство в землях Северного Причерноморья от Дуная до Днепра, включая Крым, и принявший мученическую смерть в IV веке в Херсонесе Таврическом.

Существует и альтернативная, менее распространённая версия происхождения, которая связывает фамилию не с христианским именем, а с осетинским словом «гино» — «ребро упряжного седла». Если принять эту гипотезу, то прозвище Гино мог получить либо искусный наездник, либо мастер по изготовлению конской упряжи. Однако эта версия выглядит менее убедительной: осетинские заимствования в армянских фамилиях встречаются редко, а имя Гинос и его производные хорошо задокументированы в армянском именослове. Поэтому основная, «именная», версия происхождения фамилии Гиноян представляется более правдоподобной.