Фамилия Гижларян — типичный пример армянской родовой фамилии, образованной с помощью патронимического суффикса -ян (-янц). В армянской традиции такие фамилии (по-армянски «азганун») буквально означают «имя клана» и указывают на принадлежность к определённому роду. Основа фамилии — прозвище Гижлар, которое, скорее всего, связано с топонимом — названием горы Гижлар в Азербайджане.

Разберём этот топоним подробнее. Название горы, вероятно, восходит к азербайджанскому слову «гидж» — «идиот, дурак», к которому добавлен тюркский аффикс множественного числа -лар. Таким образом, Гижлар можно расшифровать как «гора дураков» — необычное, но вполне возможное народное название, данное по какой-то местной легенде или особенности. Основатель рода Гижларян, судя по всему, жил неподалёку от этой горы или был выходцем из тех мест, а его потомки закрепили за собой прозвище по месту жительства, превратив его в фамилию.

Словообразовательная модель здесь проста: тюркское прозвище Гижлар + армянский суффикс -ян (указывающий на происхождение «из рода Гижларов»). Такое сочетание тюркской основы и армянского окончания — не редкость для фамилий, возникших на Кавказе, где веками смешивались языки и культуры. Других версий происхождения фамилии, например от армянских корней, не обнаружено — наиболее правдоподобной остаётся именно топонимическая связь с горой в Азербайджане.