Фамилия Глюкова — женская форма, в основе которой лежит мужская фамилия Глюков. Ее происхождение неочевидно на первый взгляд, но разбор словообразовательной модели дает ключ. Суффикс -ов указывает на типичную русскую патронимическую модель: «чей?» — «Глюков», то есть сын или потомок человека по прозвищу Глюк.

Самая прямая версия — прозвище Глюк связано с диалектным словом «глюк» или «глюка». В русских говорах, особенно северных и сибирских, «глюкой» называли глухаря (птицу) или, реже, глуповатого, несообразительного человека (от общеславянского корня «глух-» с перегласовкой). В этом случае фамилия Глюков могла принадлежать охотнику, добывавшему глухарей, или человеку, которого за медлительность или тугодумие прозвали Глухарем. Такие прозвища по птицам были распространены на Руси: Соколов, Ястребов, Глухарев, и Глюков — их фонетический вариант.

Менее вероятная, но допустимая версия — связь с немецкой фамилией Glück (счастье, удача). Немецкие колонисты в XVIII–XIX веках оседали в Поволжье и Причерноморье, и фамилия Глюк (Glück) русифицировалась с добавлением -ов: Глюков. Однако в этом случае ударение в исходной форме падало бы на первый слог (Глю́ков), а в русской традиции фамилия чаще произносится с ударением на втором слоге (Глюко́в), что ближе к исконно русскому варианту от «глюк».

Географически фамилия Глюков встречается в основном в центральных областях России и на Урале, что подтверждает ее русское, а не немецкое происхождение. В документах XVII–XVIII веков встречаются крестьяне и посадские люди с прозвищем Глюк, например, в переписных книгах Вологодского уезда. Таким образом, предки Глюковых с высокой вероятностью были крестьянами или охотниками, а сама фамилия — живым напоминанием о народном слове, ушедшем из обихода.