Фамилия Глызенков образована от прозвища или нецерковного имени Глызенок. Основа — «глыза». В русских говорах, особенно южных и западных, глызой называли комок земли, грязи, засохшую глину. Слово это того же корня, что и «глыба», но с уменьшительным оттенком. Человек мог получить прозвище Глыза за плотное телосложение, медлительность или за то, что ходил постоянно в грязи, работал с землёй. Форма Глызенок — это уже уменьшительное: сын или потомок Глызы, либо человек, похожий на Глызу, но меньший по статусу или возрасту.

Модель типична для русских фамилий на -ов: Глызенок → Глызенков. Суффикс -ок в основе нередко указывал на молодого человека или на прозвище, данное в насмешку. Фамилия закрепилась в центральных и южнорусских регионах, где слово «глыза» было в ходу. Встречается она нечасто, что говорит о локальном происхождении — скорее всего, от одной крестьянской семьи из конкретного села или волости.

В отличие от распространённых фамилий на -ов, образованных от крестильных имён (Иванов, Петров), Глызенков — чисто прозвищная. Такие фамилии реже попадали в документы XVII века, потому что давались в быту, а не при переписи. Носитель фамилии мог быть земледельцем или гончаром — работа с глиной оставляла след в прозвище. В словаре Б. Унбегауна «Русские фамилии» подобные основы разбираются как типичные для «географических» или «профессиональных» прозвищ, хотя точной статьи о Глызенкове там нет.

Спорных версий здесь немного. Иногда пытаются связать фамилию с диалектным «глыз» — осколок, щепка, но это менее вероятно: слово «глыза» шире распространено и даёт более прямое значение. В любом случае, фамилия не имеет отношения к дворянским родам — её носители, скорее всего, были крестьянами или посадскими людьми.