Фамилия Гначучин — редкая, с яркой региональной окраской. Её основа — украинское или южнорусское прозвище Гначук, которое, в свою очередь, образовано от личного имени Гнат. Гнат — это просторечная, народная форма канонического имени Игнатий (от латинского ignis — «огонь»). Таким образом, в основе фамилии лежит имя предка, которого в быту звали Гнат.

Словообразовательная модель здесь нестандартная. Типичный украинский патроним (отчество) выглядел бы как Гначук или Гнатенко. Но фамилия Гначучин использует суффикс -ин, который характерен для великорусской ономастики. В русской традиции -ин присоединяли к основам на -а/-я: Гначук — Гначучин, то есть «чей?» — «сын Гначука». Это говорит о том, что фамилия сложилась на стыке двух культур: украинская основа была адаптирована русской моделью фамильного суффикса. Такое часто происходило при переселении или при записи в документы на русском языке.

Вероятнее всего, предок носителя фамилии был записан как Гначук (потомок Гната), а его дети или внуки при получении фамилии в XIX веке получили уже форму Гначучины. Географически фамилия тяготеет к югу России и востоку Украины, к территориям, где смешивались русское и украинское население — например, Курская, Воронежская, Ростовская области, а также бывшие земли Войска Донского.

Иногда фамилию пытаются вывести напрямую от глагола «гнать» или слова «гнач» (погонщик), но это менее вероятно. Уменьшительно-ласкательная форма Гначук однозначно указывает на имя, а не на занятие. Других однокоренных фамилий, вроде Гнатенко или Гнатов, много, но именно Гначучин встречается редко и сразу выдает смешанное происхождение рода.