Фамилия Гнаян — редкий случай, когда происхождение почти наверняка указывает на одну конкретную точку на карте, а не на профессию или личное прозвище. Это армянская фамилия, и её основа — топоним, то есть название места.

В армянском языке суффикс «-ян» (в старой орфографии «-янц») — самый распространённый патронимический показатель, аналог русского «-ов» или грузинского «-дзе». Он означает «принадлежащий к роду такого-то» или «выходец оттуда-то». Первая же часть, «Гн-», указывает на корень, который встречается в названиях нескольких сёл и городов на территории исторической Армении. Самый вероятный источник — село Гни (Гны) или Гнаванк в области Сюник, либо местность с похожим звучанием в Западной Армении (ныне на востоке Турции). Таким образом, Гнаян — это «тот, кто из Гни» или «потомок выходца из Гни».

Менее правдоподобна, но всё же встречается в любительских генеалогиях версия, связывающая фамилию с армянским словом «гна» (гнам) — «идти, уходить». Якобы предок получил прозвище «Ходок» или «Странник». Однако против этого говорит типичная для армянских фамилий модель: личные прозвища редко образуют фамилии напрямую через «-ян» без промежуточных суффиксов. Географическая привязка здесь куда надёжнее.

Фамилия Гнаян не относится к числу массовых армянских фамилий вроде Петросян или Аванесян. Она локальна и, скорее всего, ведёт начало от жителей одного-двух сёл. Поэтому её носители, даже если сейчас живут в Москве, Ереване или Краснодаре, с высокой вероятностью имеют общих предков из одного родового гнезда — того самого села Гни.