Фамилия Гнидунец — яркий пример того, как прозвище, данное человеку несколько веков назад, закрепилось в родовом имени. Её основа — слово «гнида» (яйцо вши), которое в переносном смысле на Руси использовали для характеристики человека мелкого, назойливого, ничтожного или же просто очень придирчивого и въедливого. Вряд ли прозвище Гнида было комплиментом, но в среде, где прозвища давали по внешним или поведенческим чертам, оно не было редкостью.

Главная особенность фамилии — её редкостный суффикс «-унец». В русской ономастике он встречается несравнимо реже, чем стандартные «-ов», «-ев» или «-ин». Суффикс «-унец» характерен для западнорусских и украинских земель (сравните: «гнидун», «гнидунец» — буквально «сын Гнидуна»). По сути, это патроним, образованный от более ранней формы Гнидун, где «-ун» — тоже уменьшительно-уничижительный суффикс. Таким образом, цепочка выглядит так: прозвище Гнида → Гнидун (сын или человек с признаком Гниды) → Гнидунец (потомок Гнидуна).

Фамилия почти не встречается в центральной России. Её география тяготеет к западным областям — современные Беларусь, Украина, а также юго-западные регионы России (Брянская, Смоленская области). В этих местах модель образования фамилий на «-ец» была особенно продуктивна, и Гнидунец — типичный её образец. В польской ономастике есть схожая фамилия Gnidun, что подтверждает её западнославянские корни.

Сословно носители фамилии почти наверняка были крестьянами или мещанами. Дворянские роды с такой неблагозвучной основой практически не фиксируются — прозвище Гнида было слишком бытовым и простонародным, чтобы закрепиться в гербовниках. Однако это не делает фамилию «плохой»: она — честный маркер социальной среды, где прозвища были точными, а не приглаженными.

Есть и другая, менее вероятная версия: от диалектного глагола «гнидить» — медлить, копаться, делать что-то нудно. В этом случае прозвище Гнида могло относиться к медлительному человеку. Но большинство ономастов сходится на «паразитарной» этимологии — она прямее и подтверждается параллельными фамилиями (Гнидкин, Гнидин, Гнидюк).