Фамилия Гниенко — яркий пример украинской модели фамилий на -енко, которая означает «маленький», «сын» или «потомок». В данном случае основа — «Гниен» — это прозвище, образованное от глагола «гнить» или прилагательного «гнилой». Но не спешите делать вывод, что предка называли так за неопрятность. В украинской антропонимии прозвища с корнем «гнил-» часто носили иронический или обережный характер: так могли назвать крепкого и здорового младенца, чтобы отвести от него болезни — «нечистая сила» позарится на «гнилого» и оставит в покое настоящего. Подобная логика работает и с фамилиями типа Неменко (от «немой») или Злобин.

Словообразовательная цепочка проста: прозвище Гниен (от «гнилой» с суффиксом -ен, характерным для украинских прозвищ) плюс патронимический суффикс -ко. Итог: Гниенко — «потомок Гниена». Фамилия распространена преимущественно на востоке Украины и в южных регионах России, куда шла миграция украинских крестьян в XVIII–XIX веках. В реестрах Войска Запорожского встречаются казаки с подобными прозвищами, так что предки носителя фамилии могли быть не крестьянами, а казаками — для них характерны «говорящие» и сниженные прозвища, которые не считались обидными.

В России фамилию иногда путают с Гниенковым (с дополнительным русским суффиксом -ов), но Гниенко — самостоятельная украинская форма, которая не требует переделки. Если ваш предок носил эту фамилию, он с высокой вероятностью происходил с территории современной Полтавской, Черниговской или Харьковской области. Встречается также вариант Гниенок — с усечением конечного -о, что типично для некоторых говоров юга Украины.