Фамилия Гнынюк — яркий пример украинской модели фамилий, образованных с помощью патронимического суффикса -ук/-юк. Этот суффикс в украинской ономастике выполняет ту же роль, что русские -ов и -ин: он указывает на родство, буквально «сын такого-то» или «потомок такого-то». В данном случае основа — Гнын(ь), а -юк — вариант суффикса после мягкого согласного.

Корень фамилии ведет к прозвищу или мирскому имени Гныня. В украинских говорах слово «гнити» означает «гнить», «портиться». Отсюда прозвище Гныня могли дать человеку с нездоровым, болезненным видом, вялым характером или, напротив, тому, кто жил в сырости, занимался гнилостными ремеслами (например, обработкой кож или хранением продуктов). Не исключен и переносный смысл: в диалектах «гныня» могло обозначать брюзгу, нытика, человека, который «гниет» от безделья или печали.

Встречается и версия, что основа восходит к древнему славянскому личному имени Гнева (от «гнев»), но для фамилии Гнынюк это менее вероятно: переход «е» в «ы» нехарактерен для украинской фонетики, а звонкий «в» в корне не заменяется на «н». Правдоподобнее считать, что перед нами чисто украинское прозвище от глагола «гнити» с последующим смягчением.

Географически фамилия Гнынюк распространена в западных и центральных областях Украины, особенно в Волынской, Ровенской и Хмельницкой областях. Встречается она и среди украинской диаспоры в Канаде и США, куда предки выехали в конце XIX — начале XX века.

Сословно носители фамилии почти наверняка происходили из крестьян или мещан. В украинской среде фамилии на -ук/-юк были массовыми именно среди простого люда, в отличие от шляхетских фамилий на -ский. Таким образом, Гнынюк — это «сын Гныни», потомок человека, которого в селе прозвали за внешность или характер.