Фамилия Гнюбкин — редкий случай, когда прозвище, лёгшее в основу, сохранилось почти без изменений, а суффикс -ин прямо указывает на принадлежность: «чей?» — Гнюбкин, то есть сын или потомок человека по прозвищу Гнюбка. Само прозвище, скорее всего, связано с диалектным словом «гнюба» — так в некоторых русских говорах называли вялого, медлительного или угрюмого человека. Встречается и вариант «гнюбкий» — неловкий, неуклюжий. Таким образом, предок носителя этой фамилии мог получить своё прозвище за характер или манеру поведения.

Словообразовательная модель здесь простая и архаичная: основа «гнюбк-» плюс фамильный суффикс -ин. Такие фамилии типичны для северных и центральных областей России, где прозвища на -ка (-ко) были особенно распространены. В отличие от фамилий на -ов/-ев, которые образовывались от имён и прозвищ на твёрдый согласный, -ин закрепился за основами на -а/-я. Гнюбка — как раз такой случай.

В ономастических словарях фамилия не фиксируется как частотная, а значит, скорее всего, имеет узколокальное происхождение. Возможно, её носители — выходцы из одной деревни или волости, где прозвище Гнюбка было в ходу. В редких случаях нельзя исключать связь с искажённым вариантом другой фамилии, например, Гнубкин или Гнибкин, но фонетически «гнюб-» устойчивее и ближе к живому диалектному корню.

С точки зрения социальной истории, Гнюбкины, вероятно, относились к крестьянскому или мещанскому сословию: прозвища, описывающие внешность или характер, редко давали дворянам, у которых фамилии чаще образовывались от географических названий или имён. Сегодня фамилия встречается крайне редко, что делает её своеобразным маркером — если вы Гнюбкин, ваша родовая линия почти наверняка не растворилась в массе однофамильцев.