Фамилия Гнюбкина — женская форма фамилии Гнюбкин, и её происхождение уводит нас в область редких, почти исчезнувших прозвищ. В отличие от большинства фамилий на -ин, которые образованы от имён или профессий, эта строится вокруг корня «гнюб-», что сразу настораживает: в современном русском языке такого слова нет. Но оно было.

Вероятнее всего, основа восходит к диалектному глаголу «гнюбить» или «гнубить» — в некоторых говорах это означало «гнуть», «сгибать», «горбить». Соответственно, Гнюбка — прозвище человека, который ходил сгорбившись, сутулился, либо, в переносном смысле, того, кто «гнулся» под обстоятельствами, был покладистым. В ономастике есть аналоги: фамилия Гнутов от того же корня, но с другим суффиксом.

Вторая, менее очевидная версия — связь с личным именем Гнюб, которое могло быть сокращением от крестильного имени Агний (от греч. «агнос» — чистый, непорочный). В народе такие имена часто перекраивались до неузнаваемости: Агний → Гний → Гнюб. Однако эта цепочка не подтверждена источниками, и первая версия выглядит убедительнее: фамилия описывает внешность или характер человека, а не его имя.

Суффикс -ин указывает на принадлежность: Гнюбкин — сын Гнюбки. Такая модель типична для северных и центральных регионов России, где -ин вытеснял -ов в фамилиях от прозвищ и имён, оканчивающихся на -а, -я. Географически фамилия редкая, встречается в основном в Поволжье и на Урале — там, где диалектная лексика дольше сохраняла архаичные формы.

Написание с «ю» вместо ожидаемого «у» (сравните «гнуть» и «гнюбить») — не ошибка, а диалектная черта, фиксирующая произношение. В некоторых говорах «ю» звучало мягче, и это отразилось в письменной форме. В XIX веке фамилия могла писаться и через «у» — Гнубкин, но закрепился именно вариант с «ю», что делает её ещё более узнаваемой.

Сословного барьера у фамилии не было: Гнюбкины могли быть и крестьянами, и мещанами. Сейчас это редкая фамилия, и её носительница, скорее всего, имеет предков, живших в деревнях, где прозвища давали по походке или осанке.