Фамилия Годовкины образована по классической русской модели: основа Годовк- плюс суффикс -ин, указывающий на принадлежность («чей?» — сын Годовки). Значит, предок носителя фамилии носил прозвище или нецерковное имя Годовка.

Что означало это имя? Самая прямая версия — от слова «год». Годовкой в крестьянском быту нередко называли годовалого ребёнка, который пережил первый, самый опасный для младенца год. Такое имя могли дать как оберег — чтобы ребёнок рос крепким. Но есть и другая возможность, которую не стоит сбрасывать со счетов. В украинском и южнорусских говорах «годованець» — это приёмыш, воспитанник, человек, которого «годовали» (кормили, содержали) чужие люди. В этом случае Годовка — прозвище подкидыша или ребёнка, взятого на воспитание. Третья, менее вероятная версия связывает прозвище со словом «годованник» (опытный, бывалый человек), но для фамилии Годовкин она не подкреплена ни географией, ни историческими записями.

Фамилия — не Годовков, а именно Годовкин. Суффикс -ин характерен для фамилий, образованных от основ на -а/-я. Это подсказывает, что исходное прозвище звучало как Годовка, а не Годовко. Такая форма чаще встречается в центральных и северных областях России, в то время как южнорусская и украинская традиция дала бы вариант Годовченко или Годовков. Поэтому, несмотря на украинский корень «годованець», сама фамилия Годовкины, скорее всего, сложилась в великорусской среде. Точную дату её возникновения назвать трудно — массовое закрепление фамилий у крестьян произошло в XIX веке, но отдельные случаи фиксации прозвища Годовка могли быть и на два-три столетия раньше.