Фамилия Годовяхина — женская форма фамилии Годовяхин, и её разговорное звучание сразу наводит на мысль о чём-то «годовалом». Однако прямой связи с возрастом здесь нет, а корень лежит в диалектной лексике северных и центральных губерний России.

Основа фамилии — прозвище Годовяха. В русских говорах «годовяк» или «годовяха» называли человека, которому пошёл первый год жизни, то есть младенца. Но в переносном, ироничном смысле так могли окрестить взрослого, который вёл себя по-детски наивно или был неопытен в делах. Вторая версия, менее распространённая, связывает прозвище с обрядом «годовщины» — празднованием первого года ребёнка, когда давали прозвище по событию. Если человек родился или был крещён в канун такого праздника, его и прозывали Годовяхой.

Суффикс «-ин» указывает на принадлежность: «чей сын?» — Годовяхина, то есть дочь или жена Годовяхи. В отличие от фамилий на «-ов», которые чаще встречаются в южных и центральных регионах, «-ин» типичен для севера и северо-востока Руси, особенно для Архангельской, Вологодской и Вятской губерний. Хотя фамилия редкая, её география подтверждает именно этот ареал: в переписях XIX века носители встречаются в основном в бывших уездах Костромской и Вологодской губерний.

Словообразовательная модель проста: корень «год-», суффикс «-овях-» (увеличительно-пренебрежительный, как в «детина», «здоровяк») и окончание фамилии. Ближайшие однокоренные фамилии — Годов, Годовиков, Годовалов — все они восходят к тому же корню, но с разными суффиксами. Годовяхина стоит в этом ряду особняком из-за редкого форманта «-ях-», который в русских фамилиях почти не встречается, что делает её уникальной.

Версия о том, что фамилия могла произойти от слова «годовать» (жить, проводить время) — маловероятна, так как тогда основа звучала бы как «Годовахин», а не «Годовяхин». Разница в одной гласной указывает именно на прозвище, а не на глагол.