Фамилия Годушкина — женская форма, а её мужской вариант Годушкин, скорее всего, имеет прозвищное происхождение. Основа «годушк-» восходит к слову «год» или его производным. В русских говорах «годуша» или «годушка» — это ласковое обращение к ребёнку, особенно к тому, кто родился в урожайный или счастливый год. В некоторых регионах так называли долгожданного малыша, «годовасика», то есть младенца первого года жизни.

Вероятнее всего, прозвище Годушка дали младшему или позднему ребёнку в семье, которого вынянчили и берегли. Такие имена-обереги были обычным делом: родители называли дитя Годушкой, желая ему долгих лет жизни, или же в насмешку над тем, что он долго не взрослел, оставался «годовалым» по поведению. Модель образования простая: к основе «годушк-» добавили типичный русский суффикс принадлежности -ин, который указывает на «сына Годушки» или «дочь Годушки».

Суффикс -ин характерен для фамилий, образованных от имён и прозвищ, оканчивающихся на -а/-я. Это одна из самых древних и распространённых моделей в северных и центральных областях России. Фамилия Годушкин встречается в документах XVII–XVIII веков, преимущественно в крестьянской среде Архангельской, Вологодской и Костромской губерний. В этих краях слово «годушка» бытовало не только как ласкательное, но и как название для годовалого телёнка или ягнёнка, что тоже могло стать основой для прозвища.

Менее вероятная версия связывает фамилию с диалектным «годуй» — так в некоторых говорах называли человека, который долго думает, медлит, «годит», то есть выжидает. Но в таком случае ожидалась бы форма Годуйкин или Годунов, а не Годушкин. Более правдоподобно, что Годушкин — это уменьшительно-ласкательная форма от «год» с суффиксом -ушк-, который придаёт оттенок нежности и родства. Таким образом, предок носительницы фамилии Годушкина был, скорее всего, младшим сыном или просто ребёнком, которого в семье ласково называли Годушкой.