Фамилия Гогильчин — редкий пример, где на стыке славянской и тюркской языковых традиций родилось прозвище, а затем и фамилия. Её основа — «гогиль» — скорее всего, восходит к тюркскому «гёгёль» (gögəl), что в некоторых диалектах означает «сизый», «голубоватый» или «небесного цвета». Так могли прозвать человека за необычный цвет глаз, одежду или, возможно, за бледный оттенок кожи. В русской среде это прозвище обработалось суффиксом -ин, который указывает на принадлежность: Гогильчин буквально значит «сын (или потомок) Гогиля». Суффикс -ин в русских фамилиях типичен для основ на -а/-я, но здесь он присоединился к мягкой основе, что не противоречит модели (сравните: Ильин, Птицын).

Вторая версия, менее вероятная, связывает корень с диалектным русским «гогиль» — так в некоторых говорах называли неуклюжего, неловкого человека или, наоборот, задиру. Однако тюркская этимология убедительнее: фамилия встречается в регионах, где исторически был силён татарский или башкирский компонент, например, в Поволжье и на Урале. География бытования фамилии узкая — основная масса носителей сосредоточена в Пермском крае и соседних областях, что подтверждает её локальное происхождение.

Словообразовательный разбор показывает, что фамилия образована не от полного имени, а от прозвища, причём суффикс -ин здесь не отчественный (как в Иванов), а притяжательный, что характерно для прозвищных фамилий. Гогильчин — фамилия недворянская, скорее всего, крестьянская или мещанская, закрепившаяся в документах после отмены крепостного права, когда многим семьям официально записали прозвище предка. В современных справочниках она не упоминается у Унбегауна или Никонова — это редкая локальная фамилия, не попавшая в общерусские списки.