Фамилия Гокун — одна из тех, что ставит исследователя перед выбором между несколькими равно возможными версиями, и каждая по-своему интересна. В ней нет типичного русского суффикса -ов или -ин, что сразу указывает на её позднее происхождение или нерусскую основу. Скорее всего, фамилия образована от прозвища или мирского имени, а не от крестильного.

Главная версия связывает основу «гок-» с украинским или южнорусским диалектным словом «гок» — звук, шум, крик, или с глаголом «гокать» (кричать, аукать, громко звать). В этом случае Гокун — прозвище крикливого, шумного человека, того, кто «гокает», перекликается в лесу или подаёт голос. Суффикс -ун в русских и украинских фамилиях (ср. Болтун, Крикун, Говорун) активно образует прозвища по характерному действию. Эта модель продуктивна, и она даёт самое прямое и логичное объяснение: предок был заметен своим голосом — либо как запевала, глашатай, либо просто как обладатель зычного голоса.

Вторая версия — менее очевидная, но возможная — от тюркского корня. В тюркских языках «гёк» (gök) означает «небо», «голубой», «синий». Фамилии с основой «Гок-» встречаются у народов, испытавших тюркское влияние. Однако суффикс -ун для тюркских фамилий нехарактерен, поэтому эта версия слабее: скорее всего, перед нами чисто славянская словообразовательная модель, просто с редкой основой.

Географически фамилия Гокун тяготеет к юго-западу: её носители встречаются в Украине, Беларуси и в прилегающих областях России (Брянская, Курская). В центральных и северных регионах России она редка. Это косвенно подтверждает первую версию: украинские и белорусские говоры сохранили слово «гок» и глагол «гокать» лучше, чем северные.

Сравнение с однокоренными фамилиями (Гоков, Гокалов, Гокин) показывает, что Гокун — самая редкая из них. Если Гоков мог возникнуть от того же прозвища, но через стандартную патронимическую модель (-ов), то Гокун сохранил исходную прозвищную форму без дополнительного суффикса принадлежности. Это делает фамилию более архаичной по форме и, возможно, более древней по времени возникновения.

Таким образом, с высокой вероятностью Гокун — это прозвище, данное громкому, крикливому предку. Фамилия недворянская, крестьянская или казачья, и её носители, скорее всего, были простыми людьми, выделявшимися среди соседей голосом — в работе, в быту или на сходе.