Фамилия Горкун — один из примеров, где за основу взято не имя, а прозвище, и корень её — белорусское прилагательное «горкі», то есть «горький». В старину это слово относилось ко всему трудному, тяжёлому и неприятному: «Горько есть, да жаль покинуть», «Не отведав горького, не узнаешь и сладкого». Прозвище Горкун мог получить человек с нелёгкой судьбой или горькой долей. Но есть и другая, обратная сторона: родители иногда намеренно давали ребёнку «плохое» прозвище, чтобы обмануть злые силы и уберечь его от бед. Надеясь вырастить счастливого и здорового мальчика, они могли назвать его Горкуном — как оберег от настоящей горечи.

Словообразовательная модель фамилии проста и типична для восточнославянских земель. Суффикс -ун активно использовался в белорусском и украинском языках для образования прозвищ по характерному действию или свойству (сравните: крикун, молчун). Горкун — тот, кого связывали с горечью, либо сам горький на вкус или на жизнь. Фамилия на -ун, как правило, не склонялась по падежам в мужском роде и оставалась без дополнительных суффиксов -ов/-ев, что указывает на её относительно позднее закрепление или на то, что она бытовала в среде, где патронимические суффиксы не были обязательны.

Географически фамилия Горкун тяготеет к западу России и к Беларуси. Встречается она и на Украине, но реже. В польской ономастике есть аналогичная фамилия Gorkun, что подтверждает её общевосточнославянские корни. Поскольку в основе лежит прозвище, а не крестильное имя, сословной привязки у фамилии нет: Горкунами могли называть и крестьян, и мещан, и казаков. Никаких сведений о дворянских родах с этой фамилией в гербовниках не зафиксировано.

Сравнение с однокоренными фамилиями — Горький, Горьков, Горкин — показывает, что Горкун стоит несколько особняком. Если Горький и Горьков прямо указывают на свойство (горький человек), то суффикс -ун добавляет оттенок активного носителя признака: не просто горький, а тот, кто «горчит» или с кем связана горечь. Это делает фамилию более живой и прозрачной по смыслу, хотя точное значение прозвища сегодня уже не восстановить без дополнительных исторических документов.