Фамилия Горкушин принадлежит к распространённому типу русских фамилий на -ин, образованных от личных имён, прозвищ или названий занятий. Основа здесь — Горкуша. Это имя или прозвище могло появиться двумя разными путями, и оба имеют под собой реальную почву.

Первый и наиболее вероятный вариант: Горкуша — производная форма от крестильного имени Георгий (в народном произношении Егорий, Егор). Уменьшительные формы вроде Горюша, Горка, Горкуша были обычны в северных и центральных губерниях России. В таком случае Горкушин — это «чей-то сын» или «потомок Горкуши», то есть человека с именем Егор. Суффикс -ин типичен для фамилий, образованных от основ на -а, -я.

Вторая версия отсылает к прозвищу Горкуша, которое давали человеку с горькой, несчастливой судьбой либо горькому на вкус (в переносном смысле — неулыбчивому, угрюмому). В русских говорах слово «горький» имело и значение «бедный, горемычный». Прозвища такого рода — Горький, Горюн, Горкуша — фиксируются в документах XVI–XVII веков. Например, в актах встречается крестьянин Горкуша (XVII век, Новгородская земля). Фамилия могла закрепиться за потомками такого человека.

В пользу прозвищного происхождения говорит и то, что фамилия Горкушин встречается в основном в северных и северо-восточных регионах России — в Вологодской, Архангельской, Кировской областях, а также в Пермском крае. Именно там, в зоне позднего закрепощения, прозвища дольше сохранялись и чаще становились фамилиями. В метрических книгах XIX века Горкушины нередко записаны как государственные крестьяне, что типично для поморских и вятских земель.

Сравнение с однокоренными фамилиями — Горков, Горьков, Горюнов — показывает, что Горкушин стоит особняком: у него нет распространённого суффикса -ов, а форма на -ин указывает на конкретное лицо, а не на род по отцу. Это может говорить о том, что фамилия сложилась позже, в XVIII–XIX веках, когда прозвище уже успело закрепиться за отдельной семьёй.

Таким образом, носитель фамилии Горкушин, скорее всего, потомок либо человека по имени Егор (в ласкательной форме Горкуша), либо человека с прозвищем Горкуша, данного по характеру или жизненным обстоятельствам. Точных сведений о дворянском происхождении фамилии нет — в родословных книгах она не значится, что подтверждает её крестьянские корни.