Фамилия Горкушенко — это типичный пример украинской фамилии, образованной с помощью патронимического суффикса -енко. В буквальном смысле она означает «сын Горкуши» или «потомок Горкуши». Такая модель была особенно распространена в Левобережной Украине в XVI–XVII веках, а позже закрепилась как одна из самых узнаваемых фамильных форм.

Центральный элемент фамилии — прозвище Горкуша, и его происхождение неоднозначно. Самая прямая версия отсылает к слову «гаркуша» или «горкуша» — так в старых говорах называли человека, который говорит громко, отрывисто, «гаркает». Если это так, то Горкушей могли прозвать обладателя зычного голоса. В профессиональной среде такое прозвище могло закрепиться за глашатаем, бирючом или вестником, где сила голоса была рабочим инструментом.

Вторая версия — смысловая, от белорусского «горкі» (горький). «Горьким» на Руси называли всё тяжёлое, невесёлое, связанное с нуждой или горем. В этом случае прозвище могло быть охранительным, обережным: родители нарекали ребёнка Горкушей, чтобы злые силы прошли мимо «горькой» доли, а настоящая судьба досталась счастливая. Такая практика была широко распространена в крестьянской среде.

Суффикс -уш- в основе («Горк-уш-а») придаёт прозвищу ласкательно-уменьшительный оттенок, что характерно для внутрисемейных или уличных имён. Позже, при переходе в фамилию, этот суффикс утратил эмоциональную окраску и стал частью фамильного корня.

Фамилия Горкушенко не относится к числу распространённых аристократических — скорее всего, её носили крестьяне или казаки. В реестрах Войска Запорожского и в метрических книгах Полтавщины и Черниговщины встречаются схожие формы (Горкуша, Горкушко), что указывает на юго-западный ареал бытования. В современной России фамилия редкая и чаще всего фиксируется в регионах, куда шли миграционные потоки с Украины — на Кубани, в Ростовской области и в Сибири.