Фамилия Горкушина — одна из тех, что на первый взгляд кажется простой, но при ближайшем рассмотрении ставит перед исследователем несколько вопросов. Её основа — «горкуш-» — не встречается ни в древнерусских именах, ни в распространённых ремесленных названиях. Самый вероятный путь образования — от прозвища или мирского имени, данного человеку по вкусовой особенности или привычке.

Прямая аналогия напрашивается с фамилиями Горьков, Горькавый. В русских говорах слово «горкуша» (или «горькуша») могло означать либо горький на вкус предмет, либо, в переносном смысле, человека с едким, «горьким» характером, неуживчивого или постоянно жалующегося на жизнь. В диалектах встречается и «горкуша» как название некоторых горьких трав или грибов (например, горькушки). Таким образом, прозвище мог получить либо брюзга, либо, напротив, любитель горькой пищи — например, тот, кто постоянно жевал полынь или предпочитал горькие сорта редьки.

Суффикс «-ин» указывает на принадлежность: Горкушина — «дочь (или жена) Горкуши». Эта модель типична для северных и центральных областей России, где фамилии на «-ин» образовывались от личных прозвищ и имён, оканчивающихся на «-а» или «-я». В южных регионах на месте «-ин» чаще стояло бы «-ов» (Горкушов), но вариант Горкушина встречается и там, что говорит о миграции носителей.

Существует и менее распространённая версия, связывающая фамилию с топонимом. В некоторых областях «горкушей» называли небольшой холм, пригорок (уменьшительное от «гора»). В этом случае фамилия могла возникнуть у человека, жившего на пригорке или происходившего из деревни с таким названием. Однако против этой версии говорит то, что в русской ономастике прозвища от рельефа местности обычно оформляются иначе (Горский, Подгорный), а форма «Горкуша» для топонимического прозвища редка.

Сословная принадлежность фамилии не закреплена: Горкушины встречались и среди крестьян (например, в переписях Вологодской и Костромской губерний), и среди мещан. Встречается и вариант с ударением на второй слог — Горку́шина, что характерно для некоторых северных говоров. Фамилия не относится к числу аристократических, но её носители — это потомки людей, чьё прозвище, возможно, звучало как приговорка, данная в шутку или по нужде, и закрепившаяся в роду на века.